古代车师人于公元前2世纪左右曾在此生活;公元前1世纪交河城成为车师前国的国都。此后该地一直属于吐鲁番盆地的军事政治中心，一直到14世纪遭废弃。作为吐鲁番盆地的次中心，仓库和寺院等各类遗址以及以斜坡墓道洞室墓为主要特征的晋唐墓葬等遗存，见证了高昌国和高昌回鹘王国等西域民族及其文明。公元640年唐朝在交河城设立安西都护府，它为丝路交流提供了重要的交通和安全保障。交河故城中的唐代遗存及沟西唐代墓葬则是这个阶段历史的很好佐证。

在交河故城遗址中，各类城址格局以古代特有的“压地起凸法”和“垛泥法”等建筑技术，向现代人展示了当时西域和中原地区与中亚地区有关城市布局和建筑技术的交流;中央佛塔、大佛寺和塔林等佛教遗迹，说明了当时佛教在吐鲁番盆地传播的盛况，而在城址及墓葬中出土的多语言文书以及竖穴墓、斜坡墓等不同的墓葬形制，则体现了车师族、汉族和回鹘族等多民族的交流融合。